同様に重点措置の対象地域が含まれる沖縄本島では、公道の代わりに式典会場2カ所でリレーを行う。実行委は、不要不急の外出自粛が求められる中、宮古島市を走る予定だったランナーが、代替措置としてこのリレーに参加するため本島と行き来するのは適当でないと判断した。離島の脆弱な医療体制も考慮した。
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宮古島市では感染が拡大し、4月24日から重点措置の対象期間となっている。