9月は当初、8月中旬以降の減少傾向が継続。都は9月10日には感染状況に関する4段階の警戒度を最高レベルの「感染が拡大している」から「再拡大に警戒が必要」へ1段階引き下げた。
23区内に限って継続していた酒類を提供する飲食店やカラオケ店への午後10時閉店の時短営業要請も同15日夜までで解除。その後は減少ペースが鈍化し、下旬は横ばいから上昇傾向も見られる。
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一方、都は感染者数が今月24日は2人分、26日は1人分それぞれ実際より多かったと訂正発表した。