自民党は１４日、党大会に代わる両院議員総会を東京都内のホテルで開き、菅義偉官房長官（７１）を第２６代総裁に選出した。党所属国会議員３９４人と４７都道府県連代表３人ずつが投票。菅氏が３７７票を獲得、８９票の岸田文雄政調会長（６３）、６８票の石破茂元幹事長（６３）を破った。１６日召集の臨時国会で、安倍晋三首相（６５）の後継となる第９９代首相に指名。１６日中に新内閣を発足させる。首相交代は７年８カ月ぶり。
菅氏は１５日に幹事長ら党四役を選任。公明党の山口那津男代表との党首会談に臨み、連立政権樹立の合意文書に署名する。１６日午後、衆参両院本会議の首相指名選挙で自公両党の投票を受け、新首相に指名される。直ちに組閣に着手し、皇居での首相任命式と閣僚認証式を経て、新内閣を発足させる方針だ。
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総裁選で菅氏は、体調不良により辞任表明した安倍氏の路線継承を前面に打ち出し、新型コロナウイルス対策重視とアベノミクス継続を訴えた。岸田氏は格差問題に取り組むと強調し、石破氏は「納得と共感」を掲げて政治の信頼回復を主張したが、及ばなかった。