東証とは別のシステムを使っている、JPX傘下の大阪取引所では、株価指数などの先物取引が1日朝から通常通り実施された。同様に傘下の東京商品取引所でも原油先物などの日中取引が行われた。
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機関投資家などが利用する、東証の立会外取引も売買停止とした。システム障害に伴い、東京株式市場の主要な株価指数である日経平均株価(225種)と東証株価指数(TOPIX)は正常に算出されない状態が続いた。