加藤勝信官房長官は１３日の記者会見で、日本学術会議の推薦した会員候補６人の任命拒否について菅義偉首相による指示だったかどうかの回答を避け続けた。誰が、なぜ６人を除外したのかという問題の核心について説明責任は果たされていない。官邸は２０１６年から学術会議会員人事に難色を示してきたことが判明している。官房長官として決裁する立場にあった首相の対応がどうだったかも焦点になる。
政府が野党ヒアリングに提出した決裁文書によると、学術会議は１０５人分の推薦名簿を８月３１日に内閣府に提出。内閣府は菅政権発足後の９月２４日に起案し、首相は２８日に決裁した。文書には、６人を外した９９人分について「別添案のとおり発令してよろしいか伺います」との記載がある。
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政府関係者によると、杉田和博官房副長官が内閣府の提案に基づき、任命できない人が複数いると、決裁前に首相へ報告した。決裁前は具体的な人数や人選は知らされていなかったとしている。
加藤氏は会見で、首相が６人除外にどのように関与したかを問われ「任命の考え方について説明があり共有された」と強調。記者から、共有とは首相の指示だったのかと聞かれると「誰がどこで何を言ったかは差し控える。お互い認識を一致させたということだ」と述べ、回答を避けた。