同社によると、車掌は多良駅を過ぎたあたりで、乗務員室の椅子に座り眠った。午後10時45分ごろ諫早駅に着き、車掌は起きたが、ドアを開ける作業が遅れた。この影響で乗客12人が大村線に乗り換えができず、JR九州が手配したタクシーを利用した。
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車掌は前日、約7時間半睡眠を取っており、当日の点呼でも異常はなかったという。JR九州は「大変申し訳ない。指導を徹底し再発防止に努める」と謝罪した。