防衛省は希望者殺到による混乱回避のため、予約時期や対象地域をずらして受け付ける。31日には予約対象をさらに拡大し、自衛隊センターが受け持つ東京、埼玉、千葉、神奈川の首都圏1都3県と大阪、京都、兵庫の関西3府県全域から可能になる。
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防衛省によると、予約の操作には市区町村から配布された接種券が必要で、まだ1度も受けていないことが条件。地元自治体と重複して予約した場合は、どちらかを取り消すよう求めている。
予約システムでは、実在しない市区町村コードや接種対象とならない65歳未満の生年月日を入力しても予約可能な仕様になっている。防衛省は正しい情報を入力しないと予約が完了できないようにする対応を進めている。